حددت وثائق التوصيف البيئي9 قضايا رئيسية تعاني منها محافظة الشرقية في مقدمتها.. ظاهرة حرق قش الارز والذي تتم زراعته في مساحة تتجاور الـ350 الف فدان سنويا بزيادة تمثل نسبة100% عن المساحة المحددة.
وانتشار المخلفات الصلبة بالمدن والقري والتي تحتاج الي اعداد دراسة حول امكانية خصخصة المشاريع المتعلقة بجمع ونقل هذه المخلفات الي اماكن دفن آمنة وتعدد المجاري المائية من المصارف والترع والقنوات التي تتوسط الكتل السكنية, وتمثل مساحات كبيرة تقرب من35 كيلومترا وتسبب التلوث, والمخلفات الطبية التي تمثل خطورة كبيرة في عملية جمعها ونقلها, حيث لاتتوافر السيارات المجهزة لهذا الغرض كما ان غالبية العاملين بالمنشآت الصحية يحتاجون الي دورات تدريبية مكثفة حول كيفية التعامل مع هذه المخلفات..
ونقص خدمات الصرف الصحي لوجود4 آلاف تجمع سكني ريفي في انحاء المحافظة, والي جانب ذلك فان هناك مشكلة مزمنة تعاني منها المحافظة ويمثلها مصرف بحر البقر الذي يحمل من القاهرة الكبري كل مخلفات الصرف الصحي لعاصمة مصر.. مخترقا محافظة الشرقية بامتدادها بما يتجاوز120 كيلو مترا حتي حدودها مع محافظة بورسعيد وتتطلب تغطيته, الي جانب مشروعات الصرف الصحي الأخري نحو ملياري جنيه.. والتلوث الصناعي الناتج عن مصانع مدينتي العاشر من رمضان والصالحية الجديدة.. والمنطقة الصناعية بمدينة بلبيس والاخري بناحية الزوامل التي تفتقد الي البنية الاساسية وهو ما يمثل زيادة في احمال التلوث بالمحافظة بالاضافة لمكامير الفحم التي يزيد عددها علي90 مكمرة.